Akademi Analis Kesehatan Pemerintah Aceh berdiri pada tahun 1998 berdasarkan SK Gubernur Kepala Daerah Istimewa Aceh Nomor 421.5/608/1998, Tentang Peningkatan Status (Konversi) Sekolah menengah Analis Kesehatan (SMAK) menjadi Akademi Analis Kesehatan (AAK) milik Pemerintah Daerah Istimewa Aceh. Peningkatan status tersebut dilatarbelakangi oleh keinginan untuk berpartisipasi serta mencerdaskan kehidupan umat dan bangsa. Selain itu sebagai respon terhadap perkembangan dunia ilmu pengetahuan dan teknologi yang sangat pesat dengan tetap mengutamakan nilai-nilai keislaman dalam segala bentuk kegiatannya.
Selanjutnya lahirlah izin penyelenggaraan Akademi Analis Kesehatan berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor HK.00.06.1.1.901 Tentang izin penyelenggaraan Akademi Analis kesehatan PemdaTk.IProvinsi D.I Aceh.
Institusi Akademi Analis Kesehatan (AAK) pemerintah Aceh pada tahun 2012 telah di alihbina program penyelenggaraannya, yaitu program studi yang sebelumnya diselenggarakan oleh pemerintah daerah dan Kementerian Kesehatan beralih kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan melalui Surat Keputusan Kementerian Pendidikandan Kebudayaan RI Nomor. 354 / E/ 0/ 2012 tanggal 10 Oktober 2012. Pengelolaan pendidikan tinggi daerah mengalami perubahan akibat lahirnya Undang- Undang Nomor 23 tahun 2014 tentang pemerintah daerah yang berdampak pada pengelolaan pendidikan tinggi tidak lagi menjadi kewenangan pemerintah daerah, konsekwensinya pemerintah daerah harus mengalihkan pengelolaannya kepemerintah pusat yang diatur dalam Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 76 Tahun 2017 tentang Pemerintah Daerah Aceh sedang mengalihkan proses.
pengelolaan pendidikan Akademi Analis Kesehatan ke Kemenristek Dikti melalui Kementerian Kesehatan yang ditandai dengan lahirnya Berita Acara Serah Terima (BAST) Nomor 09/BA/2019 dan Nomor KN.02.07/H.I/2619/2019 tahun 2019 antara pemerintah Aceh dan Kementerian kesehatan.
Akademi Analis Kesehatan sebagai institusi yang terletak di provinsi Aceh, dalam segala bentuk kegiatannya baik dalam bidang akademik maupun nonakademik selalu merepresentasikan nilai-nilai ajaran islam yang mencerminkan kejujuran, keterbukaan dan kepedulian terhadap kebutuhan masyarakat pengguna (stakeholder). Saat ini Akademi Analis Kesehatan Pemerintah Aceh ini telah terakreditasi B melalui SK Akreditasi BAN-PT NO.771/SK/BAN-PT/Akred/Dpl-III/VII/2015.
Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknolgi Nomor 370/D/OT/2022 tentang perubahan nama Program Studi Analis Kesehatan Program Diploma Tiga menjadi Program Studi Teknologi Laboratorium Medik program Diploma Tiga pada Politeknik Kesehatan Aceh di Kabupaten Aceh Besar.